ABW przejęła po zlikwidowanym UOP obowiązki związane z zapewnieniem stabilnej sytuacji wewnętrznej RP. Do katalogu zadań włączono jeszcze zwalczanie korupcji osób pełniących funkcję publiczne. Ponadto, od 2004 roku tj. od momentu akcesji do UE, Agencja zajmuje się zwalczaniem nieprawidłowości w absorpcji funduszy europejskich.
W 2007 roku, w ramach śledztwa w tzw. sprawie „mafii węglowej” funkcjonariusze ABW otrzymali polecenie zatrzymania Barbary Blidy – byłej minister gospodarki przestrzennej i budownictwa z ramienia SLD. W trakcie aresztowania Barbara Blida popełniła samobójstwo. W celu zbadania okoliczności tego wydarzenia Sejm powołał komisję śledczą, która nadal prowadzi prace.
Odpowiedzią ABW na zagrożenia związane z rozwojem cyberterroryzmu jest utworzony w lutym 2008 roku Rządowy Zespół Reagowania na Incydenty Komputerowe – CERT.GOV.PL.
Ze względu na wzrastające zagrożenie terroryzmem międzynarodowym, od października 2008 roku w strukturze ABW funkcjonuje Centrum Antyterrorystyczne – koordynujące prace analityczno-informacyjne instytucji i służb odpowiedzialnych za przeciwdziałanie terroryzmowi.
W ostatnim czasie ABW odniosła duży sukces w walce z przestępczością narkotykową. W lutym 2009 roku została rozbita międzynarodowa grupa zajmująca się przemytem kokainy z Ameryki Południowej przez Polskę do krajów Europy Zachodniej. Było to możliwe dzięki współpracy z amerykańską służbą ds. zwalczania przestępczości narkotykowej (DEA) i policją kolumbijską.
W tym samym miesiącu doszło do zatrzymania obywatela Federacji Rosyjskiej pod zarzutem prowadzenia dziłalności wywiadowczej na rzecz Głównego Zarządu Wywiadowczego (GRU) Sztabu Generalnego FR. Funkcjonariusze ABW, którzy pracowali nad tą sprawą, zostali odznaczeni przez Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego. Jeden otrzymał Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski, a czterech pozostałych Krzyże Kawalerskie.