Potwierdzeniem współpracy z zachodnimi partnerami było zaproszenie UOP w 1993 do powstałego z inicjatywy Francji Klubu BAROQUE – forum dyskusyjnego szefów europejskich służb specjalnych.
W związku z dynamicznym rozwojem gospodarki wolnorynkowej UOP musiał szybko wypracować odpowiednie mechanizmy wykrywania patologii w tym obszarze. W 1991 roku rozpoczęto śledztwa dotyczące bezprawnych operacji finansowych spółki Art-B oraz nadużyć w Funduszu Obsługi Zadłużenia Zagranicznego. W następnych latach toczyły się postępowania m.in.: w sprawach Pomorskiego Towarzystwa Ubezpieczeniowego „Gryf”, Banku Promocji Eksportu „Animex Bank”, Banku PEKAO S.A. i BPH.
W pierwszej połowie lat dziewięćdziesiątych Urząd mógł się również pochwalić sukcesami w walce ze zorganizowaną przestępczością. Rozpoznano grupy trudniące się przemytem kokainy i haszyszu oraz wytwarzaniem i dalszą dystrybucją amfetaminy i heroiny.
Okres intensywnych zmian politycznych i gospodarczych był istotną przyczyną zainteresowania obcych służb wywiadowczych sytuacją w Polsce. W latach 1991-1995 UOP zatrzymał osoby wykonujące zadania zlecone przez służby naszych sąsiadów: Niemiec, Rosji i Ukrainy.
21 grudnia 1995 roku doszło do wydarzenia bez precedensu w historii służby. Andrzej Milczanowski (wówczas Minister Spraw Wewnętrznych) na podstawie informacji UOP oskarżył premiera Józefa Oleksego o współpracę z rosyjskim wywiadem. Śledztwo Prokuratury Warszawskiego Okręgu Wojskowego nie potwierdziło tych zarzutów. Materiały zebrane przez funkcjonariuszy UOP w „sprawie Olina” zostały opublikowane w tzw. Białej Księdze.