LATA 1996-2002

W sierpniu 1996 roku sejm uchwalił pakiet ustaw określanych jako „reforma centrum administracyjno-gospodarczego rządu”. Urząd Ochrony Państwa wyłączono ze struktur Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, a Szef służby został podporządkowany bezpośrednio Prezesowi Rady Ministrów.

UOP aktywnie włączył się w polskie starania o przyjęcie do struktur NATO i UE, prowadząc rozpoznanie zagrożeń, które mogłyby zakłócić prawidłowy przebieg integracji. Równocześnie przygotowywano się do współpracy wielostronnej ze służbami państw członkowskich.

Jednym z ważniejszych elementów wymagających dopasowania do międzynarodowych standardów była kwestia zapewnienia odpowiedniego poziomu bezpieczeństwa wymienianych informacji niejawnych. UOP powierzono zadanie ochrony informacji w sferze cywilnej, a Szef Urzędu uzyskał rangę krajowej władzy bezpieczeństwa w stosunkach międzynarodowych. Szereg zadań na funkcjonariuszy UOP nałożyła również ustawa o ochronie informacji niejawnych, którą Sejm uchwalił 22 stycznia 1999 roku.

W związku z powołaniem w grudniu 1998 roku Instytutu Pamięci Narodowej, UOP rozpoczął systematyczne przekazywanie archiwów SB, które do tej pory przechowywał.

W maju 1999 r. UOP zatrzymał oficera WSI pod zarzutem współpracy z wywiadem rosyjskim i białoruskim, a w styczniu 2000 roku, na podstawie informacji zebranych przez UOP, wydalono z Polski dziewięciu rosyjskich dyplomatów podejrzanych o prowadzenie działalności niezgodnej z ich statusem.