
CAT funkcjonuje w systemie całodobowym 7 dni w tygodniu. Służbę w nim pełnią, oprócz funkcjonariuszy ABW, oddelegowani funkcjonariusze, żołnierze i pracownicy m.in. Policji, Straży Granicznej, Biura Ochrony Rządu, Agencji Wywiadu, Służby Wywiadu Wojskowego, Służby Kontrwywiadu Wojskowego oraz Służby Celnej. Realizują oni zadania w ramach kompetencji instytucji, którą reprezentują. Ponadto z Centrum Antyterrorystycznym aktywnie współpracują inne podmioty uczestniczące w systemie ochrony antyterrorystycznej RP, takie jak Rządowe Centrum Bezpieczeństwa, Ministerstwo Spraw Zagranicznych, Państwowa Straż Pożarna, Generalny Inspektor Informacji Finansowej, Sztab Generalny Wojska Polskiego, Żandarmeria Wojskowa itp.
Istotą systemu funkcjonowania CAT ABW jest koordynacja procesu wymiany informacji między uczestnikami systemu ochrony antyterrorystycznej, umożliwiająca wdrażanie wspólnych procedur reagowania w przypadku zaistnienia jednej z czterech kategorii zdefiniowanego zagrożenia: